Cluster für die Biowissenschaft sind das am schnellsten wachsende Segment im Computermarkt. Zu diesem Ergebnis kommen die Branchenanalysten von IDC in ihrem Bericht "HPC Market and Research Overview: 2006 and beyond". Als Antwort darauf stellt SGI den SGI® BioCluster vor, eine leistungsstarke und beschleunigte Workflow-Lösung für die Pharma- und Life-Science-Industrie sowie für die Hochschulforschung. Der SGI BioCluster umfasst ein SGI® Altix® XE-Cluster-System mit PBS Pro Cluster-Management-Tools und den eXludus Grid Optimizer™, einer neuen Technologie zum Management von Mehrkernprozessoren. Durch diese besondere Technologie zur Optimierung der Abarbeitung der Rechenaufgaben in Echtzeit wird der Datendurchsatz bei Dutzenden, Hunderten oder Tausenden gleichzeitigen Nutzern erheblich gesteigert.
Bisher hat eXludus (www.exludus.com) Benchmarktests für zwei spezielle Life-Science-Anwendungen auf einem mit 64 Prozessoren konfigurierten SGI BioCluster durchgeführt. Der SGI BioCluster überzeugte bei HMMER mit 70 Prozent und bei BLASTn mit 90 Prozent mehr Leistung im Vergleich zu einem SGI Altix XE-Cluster, der mit PBS Pro ausgerüstet war.
"Die hohen Leistungsverbesserungen, die wir bei den internen Benchmarktests erzielt haben, basieren auf der Kombination unseres neuen Grid Optimizer mit der skalierbaren Altix XE-Architektur von SGI. Der neue Grid Optimizer ist für die Steigerung der Durchsatzleistung von Mehrkernprozessoren ausgelegt und vermeidet deren gegenseitige Beeinträchtigung", sagt Benoit Marchand, Gründer und CEO von eXludus. "Bei der Entwicklung dieser Technologie stellten wir nicht nur grundsätzliche Leistungsverbesserungen fest. Wir fanden auch heraus, dass die Leistung bestimmter Anwendungsklassen, speziell in der Bioinformatik, Proteomik, Animation und beim PDA-Chipdesign, extrem beschleunigt wird. Kurz: Der Grid Optimizer verbessert die Leistung in vielen Applikationsklassen und sorgt dafür, dass die Rechenkapazität vollständig ausgeschöpft wird."
Im Zuge weiterer Benchmarktests wird erwartet, dass bei anderen Life-Science-Anwendungen ähnlich hohe Beschleunigungen erreicht werden können. Dies hebt den SGI BioCluster in punkto Produktivität und Preis-Leistungsverhältnis deutlich von anderen Clustern ab.
"Der SGI BioCluster ist ideal für Forscher im Pharma-, Biotechnologie- und Hochschulbereich, die eine schlüsselfertige Workflow-Lösung suchen. Sie können damit ihre Arbeit in den Bereichen Genomik und Proteomik beschleunigen und haben gleichzeitig eine Lösung, die sich einfach in die vorhandene Infrastruktur integrieren lässt", sagt Deepak Thakkar, verantwortlich für die Sparte Biowissenschaften bei SGI. "Cluster sind mit einem Marktanteil von derzeit knapp 40 Prozent die bevorzugte Rechenplattform in den Biowissenschaften. Mit der leistungsstarken BioCluster-Lösung bietet SGI ein System, das Erkenntnisse und Ergebnisse schneller ermöglicht."
Der SGI BioCluster ist über SGI und seine Partner ab sofort erhältlich. Das System kann mit einer Ein-, Zwei- oder Dreijahreslizenz erworben werden oder steht als 90-Tage-Testversion zur Verfügung. Für Spitzenergebnisse wird der SGI BioCluster in der Konfiguration mit 64 Intel® Xeon® Prozessoren empfohlen. Das System kann aber auch für den Einsatz mit 16 oder 32 Prozessoren konfiguriert werden. SGI-Kunden, die derzeit ein SGI Altix XE Cluster-System besitzen, können den eXludus Grid Optimizer ebenfalls mit der Ein-, Zwei- oder Dreijahreslizenz oder als 90-Tage-Testversion erwerben.
Bisher hat eXludus (www.exludus.com) Benchmarktests für zwei spezielle Life-Science-Anwendungen auf einem mit 64 Prozessoren konfigurierten SGI BioCluster durchgeführt. Der SGI BioCluster überzeugte bei HMMER mit 70 Prozent und bei BLASTn mit 90 Prozent mehr Leistung im Vergleich zu einem SGI Altix XE-Cluster, der mit PBS Pro ausgerüstet war.
"Die hohen Leistungsverbesserungen, die wir bei den internen Benchmarktests erzielt haben, basieren auf der Kombination unseres neuen Grid Optimizer mit der skalierbaren Altix XE-Architektur von SGI. Der neue Grid Optimizer ist für die Steigerung der Durchsatzleistung von Mehrkernprozessoren ausgelegt und vermeidet deren gegenseitige Beeinträchtigung", sagt Benoit Marchand, Gründer und CEO von eXludus. "Bei der Entwicklung dieser Technologie stellten wir nicht nur grundsätzliche Leistungsverbesserungen fest. Wir fanden auch heraus, dass die Leistung bestimmter Anwendungsklassen, speziell in der Bioinformatik, Proteomik, Animation und beim PDA-Chipdesign, extrem beschleunigt wird. Kurz: Der Grid Optimizer verbessert die Leistung in vielen Applikationsklassen und sorgt dafür, dass die Rechenkapazität vollständig ausgeschöpft wird."
Im Zuge weiterer Benchmarktests wird erwartet, dass bei anderen Life-Science-Anwendungen ähnlich hohe Beschleunigungen erreicht werden können. Dies hebt den SGI BioCluster in punkto Produktivität und Preis-Leistungsverhältnis deutlich von anderen Clustern ab.
"Der SGI BioCluster ist ideal für Forscher im Pharma-, Biotechnologie- und Hochschulbereich, die eine schlüsselfertige Workflow-Lösung suchen. Sie können damit ihre Arbeit in den Bereichen Genomik und Proteomik beschleunigen und haben gleichzeitig eine Lösung, die sich einfach in die vorhandene Infrastruktur integrieren lässt", sagt Deepak Thakkar, verantwortlich für die Sparte Biowissenschaften bei SGI. "Cluster sind mit einem Marktanteil von derzeit knapp 40 Prozent die bevorzugte Rechenplattform in den Biowissenschaften. Mit der leistungsstarken BioCluster-Lösung bietet SGI ein System, das Erkenntnisse und Ergebnisse schneller ermöglicht."
Der SGI BioCluster ist über SGI und seine Partner ab sofort erhältlich. Das System kann mit einer Ein-, Zwei- oder Dreijahreslizenz erworben werden oder steht als 90-Tage-Testversion zur Verfügung. Für Spitzenergebnisse wird der SGI BioCluster in der Konfiguration mit 64 Intel® Xeon® Prozessoren empfohlen. Das System kann aber auch für den Einsatz mit 16 oder 32 Prozessoren konfiguriert werden. SGI-Kunden, die derzeit ein SGI Altix XE Cluster-System besitzen, können den eXludus Grid Optimizer ebenfalls mit der Ein-, Zwei- oder Dreijahreslizenz oder als 90-Tage-Testversion erwerben.
