454 Life Sciences, eine Tochterfirma von Roche, hat die Einführung und sofortige Verfügbarkeit der neuen GS GType HLA Primer-Sets bekannt, mit denen HLA-Klasse-I- und Klasse-II-Gene mit hoher und mittlerer Auflösung genotypisiert werden können. Die Primer-Sets wurden für den Einsatz zur Next-Generation-Sequenzierung mit den firmeneigenen GS FLX und GS Junior Sequenziergeräten entwickelt und ermöglichen eine hochauflösende Typisierung und eindeutige Allelzuordnung in nur einem Lauf. Diese Produktlösung stellt einen enormen Fortschritt hinsichtlich Geschwindigkeit und Qualität der Charakterisierung dieser immunologisch wichtigen und hochvariablen Region des menschlichen Genoms dar. Die Kits sind die ersten einer Reihe noch folgender Assays für die Forschung zur Anwendung auf den 454 Sequencing Systemen, für Laborarbeitsabläufe in den Bereichen Immungenetik, Infektionskrankheiten und Onkologie.
Die HLA-Gene kodieren Proteine, mit denen das Immunsystem fremde Zellen und andere Antigene erkennt. Eine genaue Charakterisierung des HLA-Typs eines Menschen ist wichtig in der Forschung zur Gewebetypisierung bei Transplantationen. Variationen dieser Gene werden mit einer Vielzahl von Autoimmunkrankheiten und Infektionskrankheiten sowie einigen Krebsarten in Verbindung gebracht. Die HLA-Gene stellen für die Genotypisierung eine besondere Herausforderung dar, da dieser Bereich des menschlichen Genoms besonders variabel (polymorph) ist. Bei der herkömmlichen sequenzbasierten Typisierung mittels Sanger-Kapillarsequenzierung sind zur Auflösung von Mehrdeutigkeiten und der Zuweisung einzelner Allele zum Chromosom eines Chromosomenpaares mehrere Sequenzierdurchgänge mit dazwischenliegenden manuellen Analysen der Daten notwendig, oft auch unter Anwendung verschiedener Technologien. Die einzigartigen langen Leseweiten der 454 Sequencing Systeme ermöglichen die direkte, hochauflösende HLA-Typisierung mehrerer Proben gleichzeitig und in vielen Fällen die eindeutige Allelidentifizierung in nur einem Sequenzierlauf. Die Sequenzierergebnisse sind kompatibel mit der HLA-Genotypisierungssoftware anderer Anbieter, so dass Forschern eine Komplettlösung für alle Schritte von der DNA bis zur Zuordnung des Genotyps zur Verfügung steht.
Die GS GType HLA Primer-Sets sind das Ergebnis eines umfangreichen Ringversuchs, dessen Ergebnisse in diesem Monat in der Fachzeitschrift Tissue Antigens veröffentlicht wurden1. "Nach Sequenzierung von tausenden von Proben lässt sich sagen, dass der Übereinstimmungsgrad von über 99 %, der erhöhte Durchsatz und der deutlich geringere Anteil von Mehrdeutigkeiten des GS FLX Systems von Roche den Ansätzen mit Sanger-Technik deutlich überlegen sind.", sagte Dr. Elizabeth Trachtenberg, Mitautorin der Veröffentlichung und Leiterin des HLA/Immungenetik-Labors am Children's Hospital & Research Center Oakland. "Mit diesem Ansatz können wir eine hochauflösende Allelzuordnung in etwa einem Drittel der Zeit vornehmen, die mit Sanger-Methoden benötigt würde."
"Für die hochauflösende HLA-Typisierung im Hochdurchsatz stellen die 454 Sequencing Systeme einen enormen Fortschritt dar", erklärte Dr. Henry Erlich, Seniorautor der Veröffentlichung und Leiter der Abteilung Humangenetik bei Roche Molecular Systems. "Die Möglichkeit, eine solch hohe Genauigkeit und Auflösung mit einer solch hohen Geschwindigkeit zu erzielen, wird Einfluss auf die Forschung und schließlich auch auf die klinische HLA-Typisierung haben."
Weitere Informationen zu den 454 Sequencing-Systemen finden Sie im Internet auf www.454.com.
Die HLA-Gene kodieren Proteine, mit denen das Immunsystem fremde Zellen und andere Antigene erkennt. Eine genaue Charakterisierung des HLA-Typs eines Menschen ist wichtig in der Forschung zur Gewebetypisierung bei Transplantationen. Variationen dieser Gene werden mit einer Vielzahl von Autoimmunkrankheiten und Infektionskrankheiten sowie einigen Krebsarten in Verbindung gebracht. Die HLA-Gene stellen für die Genotypisierung eine besondere Herausforderung dar, da dieser Bereich des menschlichen Genoms besonders variabel (polymorph) ist. Bei der herkömmlichen sequenzbasierten Typisierung mittels Sanger-Kapillarsequenzierung sind zur Auflösung von Mehrdeutigkeiten und der Zuweisung einzelner Allele zum Chromosom eines Chromosomenpaares mehrere Sequenzierdurchgänge mit dazwischenliegenden manuellen Analysen der Daten notwendig, oft auch unter Anwendung verschiedener Technologien. Die einzigartigen langen Leseweiten der 454 Sequencing Systeme ermöglichen die direkte, hochauflösende HLA-Typisierung mehrerer Proben gleichzeitig und in vielen Fällen die eindeutige Allelidentifizierung in nur einem Sequenzierlauf. Die Sequenzierergebnisse sind kompatibel mit der HLA-Genotypisierungssoftware anderer Anbieter, so dass Forschern eine Komplettlösung für alle Schritte von der DNA bis zur Zuordnung des Genotyps zur Verfügung steht.
Die GS GType HLA Primer-Sets sind das Ergebnis eines umfangreichen Ringversuchs, dessen Ergebnisse in diesem Monat in der Fachzeitschrift Tissue Antigens veröffentlicht wurden1. "Nach Sequenzierung von tausenden von Proben lässt sich sagen, dass der Übereinstimmungsgrad von über 99 %, der erhöhte Durchsatz und der deutlich geringere Anteil von Mehrdeutigkeiten des GS FLX Systems von Roche den Ansätzen mit Sanger-Technik deutlich überlegen sind.", sagte Dr. Elizabeth Trachtenberg, Mitautorin der Veröffentlichung und Leiterin des HLA/Immungenetik-Labors am Children's Hospital & Research Center Oakland. "Mit diesem Ansatz können wir eine hochauflösende Allelzuordnung in etwa einem Drittel der Zeit vornehmen, die mit Sanger-Methoden benötigt würde."
"Für die hochauflösende HLA-Typisierung im Hochdurchsatz stellen die 454 Sequencing Systeme einen enormen Fortschritt dar", erklärte Dr. Henry Erlich, Seniorautor der Veröffentlichung und Leiter der Abteilung Humangenetik bei Roche Molecular Systems. "Die Möglichkeit, eine solch hohe Genauigkeit und Auflösung mit einer solch hohen Geschwindigkeit zu erzielen, wird Einfluss auf die Forschung und schließlich auch auf die klinische HLA-Typisierung haben."
Weitere Informationen zu den 454 Sequencing-Systemen finden Sie im Internet auf www.454.com.
