In Zusammenarbeit mit dem Human Genome Sequencing Center des Baylor College of Medicine in Houston, Texas, hat Roche NimbleGen eine verbesserte Version der Sequence Capture 385K Arrays entwickelt. Diese Technologie ist bahnbrechend hinsichtlich der Anreicherung spezifischer Genomregionen für die Sequenzierung mit hohem Durchsatz. Mit den neuen verbesserten Mikroarrays und unter Verwendung von Technologien der nächsten Generation wie dem Genome Sequencer FLX System von 454 Life Sciences, können Forscher ihre eigenen Experimente zur spezifischen Anreicherung von Sequenzen durchführen und dadurch eine schnelle Sequenzierung der angereicherten Regionen erreichen. Der gesamte Prozess - von der genomischen DNA zur angereicherten DNA der spezifischen Regionen hin zu den Sequenzierergebnissen - dauert nur noch ca. zwei Wochen im Vergleich zu den Monaten oder sogar Jahren, die mit traditionellen PCR-basierten Methoden in Verbindung mit Kapillarsequenzierung benötigt werden. Die zweite Version der Mikroarrays wird ebenfalls über den Roche NimbleGen Sequence Capture Service erhältlich sein.
Ein kritisches Leistungsmerkmal für Anreicherungstechnologien ist, alle spezifischen Regionen gleich effizient zu erfassen. Die Sequence Capture Arrays der zweiten Generation von Roche NimbleGen bieten eine verbesserte Leistung hinsichtlich der Spezifität und Uniformität der erfassten Regionen. Dr. Thomas J. Albert, Senior Director der Forschungs- und Entwicklungsabteilung bei Roche NimbleGen erläutert: "Wir konnten eine hohe Spezifität feststellen, und zwar stimmen 50 - 70% der Reads mit der spezifischen Region überein. Weitere Verbesserungen werden eingeschränkte Auswirkungen auf die Gesamteffizient der Sequenzierung haben. Jedoch ist die Erfassungsuniformität wesentlich bedeutender hinsichtlich der Verbesserung der Gesamteffizienz. Wenn z.B. die Variation der erfassten Sequenz zwischen oder über der spezifischen Region hoch ist, dann werden viele Reads auf Regionen vergeudet die eine hohe Abdeckung haben, und das auf Kosten der Regionen mit geringer Abdeckung. Somit ist eine wesentlich gründlicher Abdeckung nötig, um eine angemessene Abdeckung bei schlecht erfassten Regionen zu ermöglichen. Wir haben unsere Forschung dahingehend fokussiert, die Erfassung in allen Regionen zu verbessern und haben dies jetzt mit der Entwicklung neuer Algorithmen erreicht."
"Die Roche NimbleGen DNA Sequence Capture Protokolle zeigen weiterhin eine sehr gute Leistung. Die Überarbeitung des Chip Designs mit neuen Algorithmen, resultiert in ausgeglichenen Erfassungen durch die Reduzierung niedriger und hoher Abdeckung von Regionen. Dies hat wiederum zu einer Reduzierung der Gesamtzahl der Sequenzierungen um 50% geführt und somit wird eine effiziente Abdeckung erreicht," so Dr. Richard Gibbs, Direktor des Human Genome Sequencing Center am Baylor College of Medicine. Er ist einer der Ersten, die die Roche NimbleGen Sequence Capture Arrays mit den neuen Algorithmen getestet haben. Das Baylor College hat die Roche NimbleGen Sequence Capture Technologie zusammen mit den Genome Sequencer FLX System von 454 Life Sciences bereits erfolgreich in seinen Sequenzierablauf implementiert. Laut Dr. Gibbs "können wir in mehr als 200 Experimenten mit den Sequence Capture Arrays - inklusive derer, die dem "1000 Genom Projekt" zugeordnet sind, der Analyse aller Exons eines Genoms und der Identifizierung von Allelen von Genen mit Relevanz für Krankheiten - eine Erfolgsrate von >90% nachweisen."
Forscher, die mit dem Roche NimbleGen Sequence Capture Produkten analog dem Baylor College of Medicine arbeiten möchten, können mit kundenspezifischen Sequence Capture Arrays und dem dazugehörigen Equipment wie Reagenzien und Verbrauchsmaterialien direkt von Roche NimbleGen beliefert werden. Zusätzlich werden Workshops direkt beim Kunden angeboten, die von zertifizierten Sequence Capture Trainern durchgeführt werden und wertvolle Erfahrung im Umgang mit den Produkten vermitteln.
Mit den neuen Roche NimbleGen Sequence Capture Arrays zur Erfassung aller Exons eines menschlichen Genoms haben Wissenschaftler ab sofort die nötigen Werkzeuge, um die seit langem von der Fachwelt geforderten Re-Sequenzierstudien durchzuführen. Die HD2 Arrays mit hoher Dichte (2,1 Millionen Probes), die in nächster Zeit auf den Markt kommen, werden die Erfassung aller menschlichen Exons auf einem einzigen Array ermöglichen. Dr. Gibbs verfügt bereits über Sequenzierergebnisse, die er durch eine Kombination der Roche NimbleGen Sequence Capture Produkte mit dem GS FLX System von 454 Life Sciences erhalten hat: "Wir haben bereits Daten der Sequenzierung aller Exons eines menschlichen Genoms und sind gespannt auf die Einführung der neuen Algorithmen für den HD2 Chip."
Roche NimbleGen ist ein führender Entwickler, Hersteller und Lieferant von DNA Mikrorarrays, Verbrauchsmaterialien, Instrumenten und Dienstleistungen. Roche NimbleGen produziert exklusiv Arrays langer Oligo Probes mit hoher Dichte, die eine große Datenmenge in hervorragender Qualität liefern, so wie sie für die Untersuchung der Vielfalt an genomischer und epigenomischer Varianten benötigt werden.
Die verbesserte Leistung wird durch die geschützte Roche NimbleGen Maskless Array Synthesis (MAS) Technologie ermöglicht. Diese nutzt digitale Lichtverarbeitung und schnelle Photochemie auf höchstem Niveau, um lange Oligo DNA Mikroarrays bei hoher Dichte mit großer Flexibilität zu synthetisieren. Für mehr Informationen zu Roche NimbleGen, besuchen Sie www.nimblegen.com
Ein kritisches Leistungsmerkmal für Anreicherungstechnologien ist, alle spezifischen Regionen gleich effizient zu erfassen. Die Sequence Capture Arrays der zweiten Generation von Roche NimbleGen bieten eine verbesserte Leistung hinsichtlich der Spezifität und Uniformität der erfassten Regionen. Dr. Thomas J. Albert, Senior Director der Forschungs- und Entwicklungsabteilung bei Roche NimbleGen erläutert: "Wir konnten eine hohe Spezifität feststellen, und zwar stimmen 50 - 70% der Reads mit der spezifischen Region überein. Weitere Verbesserungen werden eingeschränkte Auswirkungen auf die Gesamteffizient der Sequenzierung haben. Jedoch ist die Erfassungsuniformität wesentlich bedeutender hinsichtlich der Verbesserung der Gesamteffizienz. Wenn z.B. die Variation der erfassten Sequenz zwischen oder über der spezifischen Region hoch ist, dann werden viele Reads auf Regionen vergeudet die eine hohe Abdeckung haben, und das auf Kosten der Regionen mit geringer Abdeckung. Somit ist eine wesentlich gründlicher Abdeckung nötig, um eine angemessene Abdeckung bei schlecht erfassten Regionen zu ermöglichen. Wir haben unsere Forschung dahingehend fokussiert, die Erfassung in allen Regionen zu verbessern und haben dies jetzt mit der Entwicklung neuer Algorithmen erreicht."
"Die Roche NimbleGen DNA Sequence Capture Protokolle zeigen weiterhin eine sehr gute Leistung. Die Überarbeitung des Chip Designs mit neuen Algorithmen, resultiert in ausgeglichenen Erfassungen durch die Reduzierung niedriger und hoher Abdeckung von Regionen. Dies hat wiederum zu einer Reduzierung der Gesamtzahl der Sequenzierungen um 50% geführt und somit wird eine effiziente Abdeckung erreicht," so Dr. Richard Gibbs, Direktor des Human Genome Sequencing Center am Baylor College of Medicine. Er ist einer der Ersten, die die Roche NimbleGen Sequence Capture Arrays mit den neuen Algorithmen getestet haben. Das Baylor College hat die Roche NimbleGen Sequence Capture Technologie zusammen mit den Genome Sequencer FLX System von 454 Life Sciences bereits erfolgreich in seinen Sequenzierablauf implementiert. Laut Dr. Gibbs "können wir in mehr als 200 Experimenten mit den Sequence Capture Arrays - inklusive derer, die dem "1000 Genom Projekt" zugeordnet sind, der Analyse aller Exons eines Genoms und der Identifizierung von Allelen von Genen mit Relevanz für Krankheiten - eine Erfolgsrate von >90% nachweisen."
Forscher, die mit dem Roche NimbleGen Sequence Capture Produkten analog dem Baylor College of Medicine arbeiten möchten, können mit kundenspezifischen Sequence Capture Arrays und dem dazugehörigen Equipment wie Reagenzien und Verbrauchsmaterialien direkt von Roche NimbleGen beliefert werden. Zusätzlich werden Workshops direkt beim Kunden angeboten, die von zertifizierten Sequence Capture Trainern durchgeführt werden und wertvolle Erfahrung im Umgang mit den Produkten vermitteln.
Mit den neuen Roche NimbleGen Sequence Capture Arrays zur Erfassung aller Exons eines menschlichen Genoms haben Wissenschaftler ab sofort die nötigen Werkzeuge, um die seit langem von der Fachwelt geforderten Re-Sequenzierstudien durchzuführen. Die HD2 Arrays mit hoher Dichte (2,1 Millionen Probes), die in nächster Zeit auf den Markt kommen, werden die Erfassung aller menschlichen Exons auf einem einzigen Array ermöglichen. Dr. Gibbs verfügt bereits über Sequenzierergebnisse, die er durch eine Kombination der Roche NimbleGen Sequence Capture Produkte mit dem GS FLX System von 454 Life Sciences erhalten hat: "Wir haben bereits Daten der Sequenzierung aller Exons eines menschlichen Genoms und sind gespannt auf die Einführung der neuen Algorithmen für den HD2 Chip."
Roche NimbleGen ist ein führender Entwickler, Hersteller und Lieferant von DNA Mikrorarrays, Verbrauchsmaterialien, Instrumenten und Dienstleistungen. Roche NimbleGen produziert exklusiv Arrays langer Oligo Probes mit hoher Dichte, die eine große Datenmenge in hervorragender Qualität liefern, so wie sie für die Untersuchung der Vielfalt an genomischer und epigenomischer Varianten benötigt werden.
Die verbesserte Leistung wird durch die geschützte Roche NimbleGen Maskless Array Synthesis (MAS) Technologie ermöglicht. Diese nutzt digitale Lichtverarbeitung und schnelle Photochemie auf höchstem Niveau, um lange Oligo DNA Mikroarrays bei hoher Dichte mit großer Flexibilität zu synthetisieren. Für mehr Informationen zu Roche NimbleGen, besuchen Sie www.nimblegen.com
