Roche NimbleGen und Sigma-Aldrich (Nasdaq: SIAL) haben eine Kooperation begonnen, um die Forschung mit der Kombination von Chromatin-Immunpräzipitation und Microarrays ("ChIP chip") voranzutreiben. Dafür paaren sie ihre zwei sich ergänzenden Technologien, die hochdichten ChIP chip-Microarrays von Roche NimbleGen und die GenomePlexTM-Technologie von Sigma-Aldrich. Zusammen ermöglichen diese Plattformen den Forschern die Untersuchung des gesamten Genoms auf epigenetische Interaktionen zwischen DNA und DNA-bindenden Proteinen. Es können so Bereiche des Genoms gefunden werden, die transkriptionell aktiviert oder gehemmt sind sowie die diese Prozesse regulierenden Mechanismen identifiziert werden. Ein Verständnis der grundlegenden epigenetischen und genetischen Regulationswege, die normalem Zellwachstum und normaler Gewebedifferenzierung zugrundeliegen, aber auch ein Verständnis der Veränderungen dieser Regulationswege bei Krankheiten ist wichtig für die Entwicklung von Medikamenten, die an diesen Regulationswegen ansetzen sollen.
Um die Arbeit mit ChIP-chip zu unterstützen, werden Roche NimbleGen und Sigma-Aldrich Protokolle zur ChIP-chip-Forschung veröffentlichen und Forschern, die beide Technologien kombinieren, mit technischem Service zur Seite stehen. Zudem werden die sich ergänzenden Produkte gemeinsam vermarktet.
ChIP-chip ist ein leistungsfähiges Forschungswerkzeug zur Untersuchung von DNA-Protein-Interaktionen, das die Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP) mit Microarrays kombiniert. Im ChIP-Schritt werden mit Hilfe eines spezifischen Antikörpers gegen das zu untersuchende regulatorische Protein die DNA-Fragmente, an die dieses Protein bindet, angereichert. In der Regel liegen diese angereicherten DNA-Fragmente dann nur in sehr niedrigen Konzentrationen vor und müssen vor der Detektion noch amplifiziert werden. Die Technologien von Sigma-Aldrich und Roche NimbleGen erleichtern die effektive ChIP-chip-Forschung durch Ansatz an zwei entscheidenden Engpässen des Ablaufs: effiziente Amplifizierung der gesuchten DNA-Abschnitte und hochauflösende Microarray-Detektion. GenomePlex ist die von Forschern bevorzugte Methode zur effizienten, gleichmäßigen Amplifizierung zu untersuchender kleiner DNA-Fragmente von weniger als 200 bp Länge. Das amplifizierte genomische Material kann dann auf den hochdichten (bis zu 2,1 Millionen Sonden pro Array), mit langen Oligonukleotiden versehenen ChIP-chip-Arrays analysiert werden, den empfindlichsten Arrays auf dem Markt. So können Interaktionen zwischen DNA-Abschnitten und Proteinen wie Transkriptionsfaktoren, Histonen und Polymerasen untersucht werden.
"Die Whole-Genome-Amplification-Technologie von Sigma-Aldrich ist unsere Methode der Wahl zur Vorbereitung von ChIP-Proben für die Microarray-Analyse. Die hohe Reproduzierbarkeit und Effektivität von GenomePlex bei der Amplifizierung von ChIP-Proben aus wenigen Zellen erlaubt uns in Verbindung mit der herausragenden Empfindlichkeit der hochdichten Microarrays von Roche NimbleGen die Untersuchung von Chromatinmustern in geringen Probenmengen aus normalen und Tumorgeweben.", sagte Dr. Peggy Farnham, Professorin für Pharmakologie und stellvertretende Direktorin des Genomikzentrums an der Universität von Kalifornien in Davis.
Die Whole Genome Amplification hat einige Vorteile gegenüber bisher von Forschern verwendeten Techniken. Beispielsweise lässt die sogenannte LM-PCR (ligation-mediated PCR), eine häufig zur Aufbereitung von DNA für die ChIP-Analyse verwendete Technik, die Forscher oft wichtige Bindungsstellen übersehen. Durch die effektive Amplifizierung des gesamten Genoms mit GenomePlex kann die Analyse auf den hochdichten Arrays von Roche NimbleGen auch seltene Protein-DNA-Interaktionen mit einem hohen Signal-Rausch-Verhältnis und hoher Empfindlichkeit aufdecken.
Weitere Informationen zu den Technologien finden Sie bei Sigma-Aldrich unter www.sigma aldrich.com/wga und bei Roche NimbleGen unter www.nimblegen.com/....
Sigma-Aldrich ist ein führendes Unternehmen in den Bereichen Biowissenschaften und Hochtechnologie. Die biochemischen und organischen Chemikalien und Kits des Unternehmens kommen in der wissenschaftlichen Forschung, einschließlich Genom- und Proteomforschung, der Biotechnologie, der pharmazeutischen Entwicklung und als Schlüsselkomponenten bei der Herstellung von Pharmazeutika, Diagnostika und anderen Hochtechnologieprodukten zum Einsatz. Das Unternehmen hat Kunden in biowissenschaftlichen Unternehmen, Universitäten und staatlichen Forschungsinstituten, Kliniken und in der Industrie. Über eine Million Wissenschaftler und Techniker verwenden die Produkte des Unternehmens. Sigma-Aldrich ist in 37 Ländern mit 7.900 Mitarbeitenden tätig und stellt damit weltweit einen hervorragenden Service zur Verfügung. Das Ziel von Sigma-Aldrich ist die Beschleunigung des Kundenerfolgs durch eine Vorreiterrolle in Biowissenschaften, Hochtechnologie und Service. Weitere Informationen über Sigma-Aldrich sind auf der preisgekrönten Unternehmenswebsite http://www.sigma-aldrich.com zu finden.
Roche NimbleGen ist ein innovativer Hersteller und führender Anbieter einer firmeneigenen, aufeinander abgestimmten Produktreihe von DNA-Microarrays, Verbrauchsmittel, Geräten und Dienstleistungen. Roche NimbleGen produziert hochdichte Arrays mit langen Oligonukleotidsonden. Diese bieten einen höheren Informationsgehalt und eine bessere Datenqualität, wie sie für die Erforschung der gesamten genomischen und epigenomischen Variabilität erforderlich sind. Die verbesserte Leistung ist der Maskless-Array-Synthesis-Technologie (MAS) von Roche NimbleGen zu verdanken. Diese synthetisiert mittels Mikrospiegeltechnik und schneller, hocheffizienter Photochemie lange Oligonukleotide für die äußerst flexibel einsetzbaren, hochdichten DNA-Microarrays. Weitere Informationen über Roche NimbleGen finden Sie auf der Website des Unternehmens, unter www.nimblegen.com.
Um die Arbeit mit ChIP-chip zu unterstützen, werden Roche NimbleGen und Sigma-Aldrich Protokolle zur ChIP-chip-Forschung veröffentlichen und Forschern, die beide Technologien kombinieren, mit technischem Service zur Seite stehen. Zudem werden die sich ergänzenden Produkte gemeinsam vermarktet.
ChIP-chip ist ein leistungsfähiges Forschungswerkzeug zur Untersuchung von DNA-Protein-Interaktionen, das die Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP) mit Microarrays kombiniert. Im ChIP-Schritt werden mit Hilfe eines spezifischen Antikörpers gegen das zu untersuchende regulatorische Protein die DNA-Fragmente, an die dieses Protein bindet, angereichert. In der Regel liegen diese angereicherten DNA-Fragmente dann nur in sehr niedrigen Konzentrationen vor und müssen vor der Detektion noch amplifiziert werden. Die Technologien von Sigma-Aldrich und Roche NimbleGen erleichtern die effektive ChIP-chip-Forschung durch Ansatz an zwei entscheidenden Engpässen des Ablaufs: effiziente Amplifizierung der gesuchten DNA-Abschnitte und hochauflösende Microarray-Detektion. GenomePlex ist die von Forschern bevorzugte Methode zur effizienten, gleichmäßigen Amplifizierung zu untersuchender kleiner DNA-Fragmente von weniger als 200 bp Länge. Das amplifizierte genomische Material kann dann auf den hochdichten (bis zu 2,1 Millionen Sonden pro Array), mit langen Oligonukleotiden versehenen ChIP-chip-Arrays analysiert werden, den empfindlichsten Arrays auf dem Markt. So können Interaktionen zwischen DNA-Abschnitten und Proteinen wie Transkriptionsfaktoren, Histonen und Polymerasen untersucht werden.
"Die Whole-Genome-Amplification-Technologie von Sigma-Aldrich ist unsere Methode der Wahl zur Vorbereitung von ChIP-Proben für die Microarray-Analyse. Die hohe Reproduzierbarkeit und Effektivität von GenomePlex bei der Amplifizierung von ChIP-Proben aus wenigen Zellen erlaubt uns in Verbindung mit der herausragenden Empfindlichkeit der hochdichten Microarrays von Roche NimbleGen die Untersuchung von Chromatinmustern in geringen Probenmengen aus normalen und Tumorgeweben.", sagte Dr. Peggy Farnham, Professorin für Pharmakologie und stellvertretende Direktorin des Genomikzentrums an der Universität von Kalifornien in Davis.
Die Whole Genome Amplification hat einige Vorteile gegenüber bisher von Forschern verwendeten Techniken. Beispielsweise lässt die sogenannte LM-PCR (ligation-mediated PCR), eine häufig zur Aufbereitung von DNA für die ChIP-Analyse verwendete Technik, die Forscher oft wichtige Bindungsstellen übersehen. Durch die effektive Amplifizierung des gesamten Genoms mit GenomePlex kann die Analyse auf den hochdichten Arrays von Roche NimbleGen auch seltene Protein-DNA-Interaktionen mit einem hohen Signal-Rausch-Verhältnis und hoher Empfindlichkeit aufdecken.
Weitere Informationen zu den Technologien finden Sie bei Sigma-Aldrich unter www.sigma aldrich.com/wga und bei Roche NimbleGen unter www.nimblegen.com/....
Sigma-Aldrich ist ein führendes Unternehmen in den Bereichen Biowissenschaften und Hochtechnologie. Die biochemischen und organischen Chemikalien und Kits des Unternehmens kommen in der wissenschaftlichen Forschung, einschließlich Genom- und Proteomforschung, der Biotechnologie, der pharmazeutischen Entwicklung und als Schlüsselkomponenten bei der Herstellung von Pharmazeutika, Diagnostika und anderen Hochtechnologieprodukten zum Einsatz. Das Unternehmen hat Kunden in biowissenschaftlichen Unternehmen, Universitäten und staatlichen Forschungsinstituten, Kliniken und in der Industrie. Über eine Million Wissenschaftler und Techniker verwenden die Produkte des Unternehmens. Sigma-Aldrich ist in 37 Ländern mit 7.900 Mitarbeitenden tätig und stellt damit weltweit einen hervorragenden Service zur Verfügung. Das Ziel von Sigma-Aldrich ist die Beschleunigung des Kundenerfolgs durch eine Vorreiterrolle in Biowissenschaften, Hochtechnologie und Service. Weitere Informationen über Sigma-Aldrich sind auf der preisgekrönten Unternehmenswebsite http://www.sigma-aldrich.com zu finden.
Roche NimbleGen ist ein innovativer Hersteller und führender Anbieter einer firmeneigenen, aufeinander abgestimmten Produktreihe von DNA-Microarrays, Verbrauchsmittel, Geräten und Dienstleistungen. Roche NimbleGen produziert hochdichte Arrays mit langen Oligonukleotidsonden. Diese bieten einen höheren Informationsgehalt und eine bessere Datenqualität, wie sie für die Erforschung der gesamten genomischen und epigenomischen Variabilität erforderlich sind. Die verbesserte Leistung ist der Maskless-Array-Synthesis-Technologie (MAS) von Roche NimbleGen zu verdanken. Diese synthetisiert mittels Mikrospiegeltechnik und schneller, hocheffizienter Photochemie lange Oligonukleotide für die äußerst flexibel einsetzbaren, hochdichten DNA-Microarrays. Weitere Informationen über Roche NimbleGen finden Sie auf der Website des Unternehmens, unter www.nimblegen.com.
