Französische Forscher haben die Entwicklung und Validierung einer Untersuchungsmethode bekannt gegeben, mit der - basierend auf den Roche NimbleGen CGH Mikroarrays - genomische Deletionen und Duplizierungen in hoher Auflösung identifiziert werden können. Die Ergebnisse, die in der August Ausgabe des Magazins Human Mutation (1) veröffentlicht wurden, identifizieren Exon-Varianten in DNA Mustern von betroffenen Individuen und Trägern einer Reihe von Krankheiten wie z.B. muskuläre Dystrophie und zystische Fibrose.
Heutige Technologien zur Identifizierung dieser Mutationen, einschließlich Punktmutationen und Copy Number Deletionen und Duplizierungen, basieren auf PCR Ansätzen wie der -quantitativen realtime PCR und der ligationsabhängigen Multiplex-Amplifikation (MLPA). Sie sind aufwändig, zeigen eine hohe Fehlerrate und sind oft auf eine kleine Anzahl von Exon-Regionen beschränkt. Jamel Chelly et al. vom Institut Cochin der Universität Paris Descartes und einer Forschergruppe des INSERM und des Krankenhauses Cochin Paris, haben die Roche NimbleGen Multiplex Technologie verwendet, um individuelle CGH Arrays zu entwickeln. Untersucht wurden 158 Exons aus einem Set mit 8 Genen, die in Zusammenhang mit muskulären Dystrophien vom Typ Duchenne und Becker-Kiener, zystischer Fibrose und Sarcoglycanopathie stehen.
Durch die flexible Array Technologie ("customized arrays") von Roche NimbleGen konnte das Forscherteam Zielgene und gewünschte Auflösung spezifizieren. Für die Erhöhung des Durchsatzes hat das Team das Roche NimbleGen 4 x 72K Array Format benutzt, welches die gleichzeitige Analyse von vier unabhängigen Proben auf einem Mikroarray Slide erlaubt. Damit konnten Chelly und Kollegen Copy-Number Veränderungen in den DMD, SG und SFTR Genen identifizieren, mit einer Auflösung von bis zu 1.5 kb in 50 Proben von hemizygot-beeinflussten Individuen und heterozygoten weiblichen Trägern. Zusätzlich wurden mit dem CGH Ansatz sogar heterozygote Deletionen und Duplizierungen von nur einem Exon und Mosaik-Deletionen entdeckt.
Laut Chelly ist die Methode sehr effizient, da sie die gleichzeitige Analyse einer großen Anzahl von Exons - 158 Exons von 8 Krankheitsgenen - zulässt. Da jedes Slide vier individuelle Hybridisierungskammern enthält, kann eine große Anzahl von Proben schnell untersucht werden. Laut der Studie sind Oligonukleotid-basierte CGH-Arrays sensitiv und reproduzierbar, sogar bei der Auflösung von einzelnen Exons. Chelly beurteilt das neue Format sehr positiv: "Das Potential dieser Technologie wird nur durch die nächste Generation der 12-plex 135K CGH Arrays übertroffen. Sie wird die technologische Lücke zwischen den pangenomischen Array CGH Technologien und laborintensiven Methoden wie z.B. MLPA und realtime PCR schließen." Die 12x 135K CGH Arrays werden ab Herbst 2008 erhältlich sein und die parallele Analyse von 12 unabhängigen Proben bei einer deutlich höheren Auflösung gestatten.
Roche NimbleGen ist ein führender Entwickler, Hersteller und Anbieter von DNA Microrarrays, Verbrauchsmaterialien, Instrumenten und Dienstleistungen. Die Firma produziert exklusiv Arrays langer Oligo Probes mit hoher Dichte, die eine große Datenmenge in hervorragender Qualität liefern, so wie sie für die Untersuchung der Vielfalt an genomischen und epigenomischen Varianten benötigt werden. Die verbesserte Leistung wird durch die geschützte Roche NimbleGen Maskless Array Synthesis (MAS) Technologie ermöglicht. Sie nutzt digitale Lichtverarbeitung und schnelle Photochemie auf höchstem Niveau, um lange Oligo DNA Microarrays bei hoher Dichte mit großer Flexibilität zu synthetisieren. Für mehr Informationen zu Roche NimbleGen besuchen Sie bitte www.nimblegen.com
Heutige Technologien zur Identifizierung dieser Mutationen, einschließlich Punktmutationen und Copy Number Deletionen und Duplizierungen, basieren auf PCR Ansätzen wie der -quantitativen realtime PCR und der ligationsabhängigen Multiplex-Amplifikation (MLPA). Sie sind aufwändig, zeigen eine hohe Fehlerrate und sind oft auf eine kleine Anzahl von Exon-Regionen beschränkt. Jamel Chelly et al. vom Institut Cochin der Universität Paris Descartes und einer Forschergruppe des INSERM und des Krankenhauses Cochin Paris, haben die Roche NimbleGen Multiplex Technologie verwendet, um individuelle CGH Arrays zu entwickeln. Untersucht wurden 158 Exons aus einem Set mit 8 Genen, die in Zusammenhang mit muskulären Dystrophien vom Typ Duchenne und Becker-Kiener, zystischer Fibrose und Sarcoglycanopathie stehen.
Durch die flexible Array Technologie ("customized arrays") von Roche NimbleGen konnte das Forscherteam Zielgene und gewünschte Auflösung spezifizieren. Für die Erhöhung des Durchsatzes hat das Team das Roche NimbleGen 4 x 72K Array Format benutzt, welches die gleichzeitige Analyse von vier unabhängigen Proben auf einem Mikroarray Slide erlaubt. Damit konnten Chelly und Kollegen Copy-Number Veränderungen in den DMD, SG und SFTR Genen identifizieren, mit einer Auflösung von bis zu 1.5 kb in 50 Proben von hemizygot-beeinflussten Individuen und heterozygoten weiblichen Trägern. Zusätzlich wurden mit dem CGH Ansatz sogar heterozygote Deletionen und Duplizierungen von nur einem Exon und Mosaik-Deletionen entdeckt.
Laut Chelly ist die Methode sehr effizient, da sie die gleichzeitige Analyse einer großen Anzahl von Exons - 158 Exons von 8 Krankheitsgenen - zulässt. Da jedes Slide vier individuelle Hybridisierungskammern enthält, kann eine große Anzahl von Proben schnell untersucht werden. Laut der Studie sind Oligonukleotid-basierte CGH-Arrays sensitiv und reproduzierbar, sogar bei der Auflösung von einzelnen Exons. Chelly beurteilt das neue Format sehr positiv: "Das Potential dieser Technologie wird nur durch die nächste Generation der 12-plex 135K CGH Arrays übertroffen. Sie wird die technologische Lücke zwischen den pangenomischen Array CGH Technologien und laborintensiven Methoden wie z.B. MLPA und realtime PCR schließen." Die 12x 135K CGH Arrays werden ab Herbst 2008 erhältlich sein und die parallele Analyse von 12 unabhängigen Proben bei einer deutlich höheren Auflösung gestatten.
Roche NimbleGen ist ein führender Entwickler, Hersteller und Anbieter von DNA Microrarrays, Verbrauchsmaterialien, Instrumenten und Dienstleistungen. Die Firma produziert exklusiv Arrays langer Oligo Probes mit hoher Dichte, die eine große Datenmenge in hervorragender Qualität liefern, so wie sie für die Untersuchung der Vielfalt an genomischen und epigenomischen Varianten benötigt werden. Die verbesserte Leistung wird durch die geschützte Roche NimbleGen Maskless Array Synthesis (MAS) Technologie ermöglicht. Sie nutzt digitale Lichtverarbeitung und schnelle Photochemie auf höchstem Niveau, um lange Oligo DNA Microarrays bei hoher Dichte mit großer Flexibilität zu synthetisieren. Für mehr Informationen zu Roche NimbleGen besuchen Sie bitte www.nimblegen.com
