454 Life Sciences, eine Tochterfirma von Roche (SIX: RO, ROG; OTCQX: RHHBY), hat vielversprechende neue Ergebnisse eines Ringversuches bekanntgegeben, bei dem das Genome Sequencer FLX-System zum Nachweis medikamentenresistenter HIV-Mutanten verwendet wurde. Die Ergebnisse wurden im letzten Monat auf dem International HIV & Hepatitis Virus Drug Resistance Workshop in Dubrovnik (Kroatien) vorgestellt, nur wenige Wochen, nachdem auf der European Immunogenetics and Histocompatibility Conference in Florenz (Italien) die Ergebnisse eines ähnlichen Ringversuchs vorgestellt wurden, bei dem die Sequenziertechnologie des Unternehmens zur hochauflösenden HLA-Genotypisierung verwendet wurde.
Beide Doppelblindversuche wurden von Arbeitsgruppen jeweils miteinander kooperierender Forschungseinrichtungen durchgeführt, die über unterschiedlich stark ausgeprägte Erfahrung mit dieser Sequenziertechnologie verfügten. Bei beiden Studien wurde eine hohe Genauigkeit und Übereinstimmung zwischen den verschiedenen Laboren gefunden.
In der ersten Studie wurde das Genome Sequencer FLX-System verwendet, um durch ultratiefe gezielte Resequenzierung seltene HIV-Varianten nachzuweisen. Dabei wurden an elf Forschungseinrichtungen jeweils dieselben Proben untersucht. "Der Nachweis des gesamten Spektrums an HIV-Mutanten in einer Probe, auch "Quasispezies" genannt, wird als wichtig für das Management medikamentenresistenter HIV-1-Infektionen und für die Wahl der geeigneten antiretroviralen Kombinationstherapie angesehen.", erklärte Martin Däumer, Studienleiter und Leiter des Labors für Infektionskrankheiten am Institut für Immunologie und Genetik in Kaiserslautern (Deutschland). "Mit der Tiefensequenzierungsmethode des 454-Systems konnten wir sowohl die häufigen Virusvarianten als auch die durch herkömmliche populationsbasierte Sequenzierung nicht entdeckten Varianten nachweisen, und dies mit einer hohen Ergebniskonsistenz in und zwischen den Laboren." Im Detail ergab die Studie eine 100%ige Übereinstimmung mit der herkömmlichen Sanger-Sequenzierung bei allen Mutationen mit einem Score von 5 oder mehr in der Stanford-Datenbank zur HIV-Medikamentenresistenz.
In der zweiten Studie wurde das Genome Sequencer FLX-System zur HLA-Typisierung in acht Forschungseinrichtungen eingesetzt. Eine genaue HLA-Genotypisierung (HLA = humanes Leukozytenantigen) ist wichtig für Forschungsarbeiten zur Transplantation hämatopoetischer Stammzellen und zu verschiedenen Autoimmunerkrankungen sowie manchen Krebsarten und Infektionskrankheiten. "Die mit den 454 Sequencing-Systemen erreichte Fülle an Reads mit langen Leseweiten erlaubte im Vergleich zu herkömmlichen Technologien eine deutlich schnellere und kostengünstigere eindeutige Zuweisung der meisten HLA-Allele.", erklärte Henry Erlich, Autor der Studie und Leiter der Abteilung für Humangenetik bei Roche Molecular Systems. "In nachfolgenden Studien wird das GS FLX Titanium-System eingesetzt werden, um mit höherem Durchsatz, längeren Leseweiten und einer besseren Abdeckung des Genoms eine noch höhere Auflösung der HLA-Genotypisierung zu erreichen."
Im Laufe des Jahres wird 454 Life Sciences HLA-Primer-Sets auf den Markt bringen, die auf Grundlage der Ergebnisse dieser Studie entwickelt wurden. Die Primer werden für die Verwendung mit den Reagenzien der GS FLX Titanium-Reihe konzipiert sein, die besonders lange Leseweiten ermöglicht und im GS FLX-System und im vor kurzem eingeführten GS Junior-System zum Einsatz kommt.
"Diese sehr robusten Ergebnisse bestätigen uns in der Überzeugung, dass die 454 Sequencing-Systeme besonders gut geeignet sind für den Nachweis von Minoritäten in Mischpopulationen und für die eindeutige Auflösung hochkomplexer Genombereiche.", erklärte Christopher McLeod, Präsident und Geschäftsführer von 454 Life Sciences. "Wir entwickeln derzeit eine Zusammenstellung häufig verwendeter Assays, einschließlich der entsprechenden Analysesoftware, die Laboren eine optimale Lösung zur schnellen und einfachen Integration der gezielten Sequenzierung in ihre Forschungsarbeiten bietet. Zugleich suchen wir aktiv nach möglichen Wegen, die 454 Sequencing-Systeme auf den klinischen Markt zu bringen."
Weitere Informationen zu den 454 Sequencing-Systemen finden Sie auf www.454.com.
Beide Doppelblindversuche wurden von Arbeitsgruppen jeweils miteinander kooperierender Forschungseinrichtungen durchgeführt, die über unterschiedlich stark ausgeprägte Erfahrung mit dieser Sequenziertechnologie verfügten. Bei beiden Studien wurde eine hohe Genauigkeit und Übereinstimmung zwischen den verschiedenen Laboren gefunden.
In der ersten Studie wurde das Genome Sequencer FLX-System verwendet, um durch ultratiefe gezielte Resequenzierung seltene HIV-Varianten nachzuweisen. Dabei wurden an elf Forschungseinrichtungen jeweils dieselben Proben untersucht. "Der Nachweis des gesamten Spektrums an HIV-Mutanten in einer Probe, auch "Quasispezies" genannt, wird als wichtig für das Management medikamentenresistenter HIV-1-Infektionen und für die Wahl der geeigneten antiretroviralen Kombinationstherapie angesehen.", erklärte Martin Däumer, Studienleiter und Leiter des Labors für Infektionskrankheiten am Institut für Immunologie und Genetik in Kaiserslautern (Deutschland). "Mit der Tiefensequenzierungsmethode des 454-Systems konnten wir sowohl die häufigen Virusvarianten als auch die durch herkömmliche populationsbasierte Sequenzierung nicht entdeckten Varianten nachweisen, und dies mit einer hohen Ergebniskonsistenz in und zwischen den Laboren." Im Detail ergab die Studie eine 100%ige Übereinstimmung mit der herkömmlichen Sanger-Sequenzierung bei allen Mutationen mit einem Score von 5 oder mehr in der Stanford-Datenbank zur HIV-Medikamentenresistenz.
In der zweiten Studie wurde das Genome Sequencer FLX-System zur HLA-Typisierung in acht Forschungseinrichtungen eingesetzt. Eine genaue HLA-Genotypisierung (HLA = humanes Leukozytenantigen) ist wichtig für Forschungsarbeiten zur Transplantation hämatopoetischer Stammzellen und zu verschiedenen Autoimmunerkrankungen sowie manchen Krebsarten und Infektionskrankheiten. "Die mit den 454 Sequencing-Systemen erreichte Fülle an Reads mit langen Leseweiten erlaubte im Vergleich zu herkömmlichen Technologien eine deutlich schnellere und kostengünstigere eindeutige Zuweisung der meisten HLA-Allele.", erklärte Henry Erlich, Autor der Studie und Leiter der Abteilung für Humangenetik bei Roche Molecular Systems. "In nachfolgenden Studien wird das GS FLX Titanium-System eingesetzt werden, um mit höherem Durchsatz, längeren Leseweiten und einer besseren Abdeckung des Genoms eine noch höhere Auflösung der HLA-Genotypisierung zu erreichen."
Im Laufe des Jahres wird 454 Life Sciences HLA-Primer-Sets auf den Markt bringen, die auf Grundlage der Ergebnisse dieser Studie entwickelt wurden. Die Primer werden für die Verwendung mit den Reagenzien der GS FLX Titanium-Reihe konzipiert sein, die besonders lange Leseweiten ermöglicht und im GS FLX-System und im vor kurzem eingeführten GS Junior-System zum Einsatz kommt.
"Diese sehr robusten Ergebnisse bestätigen uns in der Überzeugung, dass die 454 Sequencing-Systeme besonders gut geeignet sind für den Nachweis von Minoritäten in Mischpopulationen und für die eindeutige Auflösung hochkomplexer Genombereiche.", erklärte Christopher McLeod, Präsident und Geschäftsführer von 454 Life Sciences. "Wir entwickeln derzeit eine Zusammenstellung häufig verwendeter Assays, einschließlich der entsprechenden Analysesoftware, die Laboren eine optimale Lösung zur schnellen und einfachen Integration der gezielten Sequenzierung in ihre Forschungsarbeiten bietet. Zugleich suchen wir aktiv nach möglichen Wegen, die 454 Sequencing-Systeme auf den klinischen Markt zu bringen."
Weitere Informationen zu den 454 Sequencing-Systemen finden Sie auf www.454.com.
