Auf einer Pressekonferenz in Kuala Lumpur (Malaysia) hat ein Wissenschaftlerteam heute die Sequenzierung, Assemblierung und Annotierung des kompletten Genoms der Ölpalme bekanntgegeben. Dies ist ein wichtiger Schritt im Bemühen, die Produktivität und Nachhaltigkeit der Zucht dieser kommerziell wichtigen Pflanze zu verbessern. Die Arbeitsgruppe analysierte auch die Genexpression in verschiedenen Entwicklungsstadien durch Sequenzierung von 12 Transkriptomen, um bei der Ölsynthese ablaufende Mechanismen zu verstehen. In der Pressekonferenz, die vom malaysischen Premierminister Dato' Sri Najib Tun Razak geleitet wurde, wurden Details der Kooperation von Sime Darby, Synamatix und 454 Life Sciences, einer Tochterfirma von Roche, bekanntgegeben, die zum Ziel hat, das Genom dieser zur Ölproduktion angebauten Tropenpflanze vollständig zu charakterisieren. Palmöl wird in Lebensmitteln, Nahrungsergänzungsmitteln, Kosmetika und immer mehr auch als Biokraftstoff verwendet. Durch die Entschlüsselung des Genoms der Ölpalme wird es Forschern in Zukunft möglich sein, Bäume mit einer höheren Ölausbeute zu entwickeln.
Die Vervollständigung des 1,7 Milliarden Basenpaare großen Ölpalmengenoms ist ein wichtiger Schritt für die Landwirtschaft. Außerdem ist sie ein Indikator für eine grundlegende Änderung der Art und Weise, wie die Sequenzierung großer, komplexer Pflanzengenome technologisch angegangen werden kann. Das Genom wurde nur durch Anwendung der Technologie des Genome Sequencer FLX Titanium Systems sequenziert und dann von Synamatix, einem führenden malaysischen Bioinformatikunternehmen, assembliert und analysiert. Es handelt sich um die erste De-novo-Assemblierung eines großen und hochkomplexen Pflanzengenoms, die vollständig ohne zusätzliche Daten aus Sanger-Sequenzierungen auskam. Dieser schnelle und wirtschaftliche Ansatz eröffnet neue Möglichkeiten für das Verständnis des genetischen Aufbaus einer Vielzahl von wirtschaftlich wichtigen Pflanzen, deren Sequenzierung bislang zu kostspielig war.
"Das Resultat hat unsere Erwartungen übertroffen. Durch die Kombination der langen 454 Reads mit unseren eigenen Assemblierungsverfahren konnten wir, trotz des sehr hohen Anteils an repetitiven Sequenzen im Genom, eine hochqualitative Assemblierung erreichen. Der von uns gewählte Ansatz zur Sequenzierung und Assemblierung des Ölpalmengenoms stellt eine deutlich schnellere und wirtschaftlichere Methode zur Charakterisierung großer, sehr komplexer Genome dar.", sagte Robert Hercus, Geschäftsführer von Synamatix.
"Wir sind stolz, Teil dieses Schlüsselprojekts der Pflanzengenetik zu sein.", sagte Michael Egholm, Chief Technology Officer und Vizepräsident von Forschung und Entwicklung bei 454 Life Sciences. "Das 454 Sequenzierungssystem ist mit seiner Fähigkeit, Millionen von langen, klonalen Reads zu generieren, ein ideales Werkzeug zur Erforschung hochkomplexer Pflanzengenome. Wir freuen uns auf die weitere Zusammenarbeit mit unserem Bioinformatikpartner Synamatix bei der Sequenzierung und Assemblierung anderer wirtschaftlich bedeutender Pflanzengenome."
454 Life Sciences, ein Center of Excellence von Roche Applied Science, entwickelt und vermarktet das innovative 454 Sequenziersystem für die ultraschnelle Hochdurchsatz-DNA-Sequenzierung. Spezifische Anwendungsfelder der Technik sind zum Beispiel die De-novo-Sequenzierung und Resequenzierung von Genomen, Metagenomik, RNA-Analyse und die gezielte Sequenzierung bestimmter DNA-Bereiche. Das 454 Sequenziersystem zeichnet sich durch eine einfache, unvoreingenommene Probenvorbereitung und lange, präzise Leseweiten, auch bei Paired-End-Sequenzierung, aus. Mit Hilfe der Technologie des 454 Systems sind hunderte in Peer-Review-Zeitschriften veröffentlichte Studien durchgeführt worden, in so unterschiedlichen Bereichen wie Krebsforschung, Infektiologie, Wirkstoffsuche, Meeresbiologie, Anthropologie, Paläontologie und vielen anderen.
Über Synamatix
Synamatix Sdn Bhd ist ein in Privatbesitz befindliches Unternehmen, das hauptsächlich in der Forschung und Entwicklung in den Bereichen Bioinformatik und Genomforschung aktiv ist. Das Unternehmen wurde 2001 von Robert Hercus gegründet und konzentrierte sich zunächst auf neue Wege zur Verwaltung, Integration und Analyse großer Genom-Datensätze. Die momentane Technologie- und Produktentwicklungsphase orientiert sich stark in Richtung Analyse von Daten aus Next-Generation-DNA-Sequenziergeräten und die Anwendung der Ergebnisse in der Forschung in den Bereichen Medizin, Landwirtschaft und synthetische Kraftstoffe. Synamatix hat eine wachsende Zahl von Kunden und Partnern in den USA, in Europa, Asien und Australien.
Die Vervollständigung des 1,7 Milliarden Basenpaare großen Ölpalmengenoms ist ein wichtiger Schritt für die Landwirtschaft. Außerdem ist sie ein Indikator für eine grundlegende Änderung der Art und Weise, wie die Sequenzierung großer, komplexer Pflanzengenome technologisch angegangen werden kann. Das Genom wurde nur durch Anwendung der Technologie des Genome Sequencer FLX Titanium Systems sequenziert und dann von Synamatix, einem führenden malaysischen Bioinformatikunternehmen, assembliert und analysiert. Es handelt sich um die erste De-novo-Assemblierung eines großen und hochkomplexen Pflanzengenoms, die vollständig ohne zusätzliche Daten aus Sanger-Sequenzierungen auskam. Dieser schnelle und wirtschaftliche Ansatz eröffnet neue Möglichkeiten für das Verständnis des genetischen Aufbaus einer Vielzahl von wirtschaftlich wichtigen Pflanzen, deren Sequenzierung bislang zu kostspielig war.
"Das Resultat hat unsere Erwartungen übertroffen. Durch die Kombination der langen 454 Reads mit unseren eigenen Assemblierungsverfahren konnten wir, trotz des sehr hohen Anteils an repetitiven Sequenzen im Genom, eine hochqualitative Assemblierung erreichen. Der von uns gewählte Ansatz zur Sequenzierung und Assemblierung des Ölpalmengenoms stellt eine deutlich schnellere und wirtschaftlichere Methode zur Charakterisierung großer, sehr komplexer Genome dar.", sagte Robert Hercus, Geschäftsführer von Synamatix.
"Wir sind stolz, Teil dieses Schlüsselprojekts der Pflanzengenetik zu sein.", sagte Michael Egholm, Chief Technology Officer und Vizepräsident von Forschung und Entwicklung bei 454 Life Sciences. "Das 454 Sequenzierungssystem ist mit seiner Fähigkeit, Millionen von langen, klonalen Reads zu generieren, ein ideales Werkzeug zur Erforschung hochkomplexer Pflanzengenome. Wir freuen uns auf die weitere Zusammenarbeit mit unserem Bioinformatikpartner Synamatix bei der Sequenzierung und Assemblierung anderer wirtschaftlich bedeutender Pflanzengenome."
454 Life Sciences, ein Center of Excellence von Roche Applied Science, entwickelt und vermarktet das innovative 454 Sequenziersystem für die ultraschnelle Hochdurchsatz-DNA-Sequenzierung. Spezifische Anwendungsfelder der Technik sind zum Beispiel die De-novo-Sequenzierung und Resequenzierung von Genomen, Metagenomik, RNA-Analyse und die gezielte Sequenzierung bestimmter DNA-Bereiche. Das 454 Sequenziersystem zeichnet sich durch eine einfache, unvoreingenommene Probenvorbereitung und lange, präzise Leseweiten, auch bei Paired-End-Sequenzierung, aus. Mit Hilfe der Technologie des 454 Systems sind hunderte in Peer-Review-Zeitschriften veröffentlichte Studien durchgeführt worden, in so unterschiedlichen Bereichen wie Krebsforschung, Infektiologie, Wirkstoffsuche, Meeresbiologie, Anthropologie, Paläontologie und vielen anderen.
Über Synamatix
Synamatix Sdn Bhd ist ein in Privatbesitz befindliches Unternehmen, das hauptsächlich in der Forschung und Entwicklung in den Bereichen Bioinformatik und Genomforschung aktiv ist. Das Unternehmen wurde 2001 von Robert Hercus gegründet und konzentrierte sich zunächst auf neue Wege zur Verwaltung, Integration und Analyse großer Genom-Datensätze. Die momentane Technologie- und Produktentwicklungsphase orientiert sich stark in Richtung Analyse von Daten aus Next-Generation-DNA-Sequenziergeräten und die Anwendung der Ergebnisse in der Forschung in den Bereichen Medizin, Landwirtschaft und synthetische Kraftstoffe. Synamatix hat eine wachsende Zahl von Kunden und Partnern in den USA, in Europa, Asien und Australien.
