Damit Erkenntnisse aus den Uni-Labors ihren Weg in die Unternehmen finden, finanziert der Bund die Hälfte des Patentierungsaufwandes - allerdings nur, wenn die Hochschulen die Patentierung und Verwertung exklusiv einem externen Dienstleister überlassen. Dadurch erhoffte man sich mehr Kompetenz und Wirtschaftsnähe.
In vielen Hochschulen herrscht jedoch Unmut über diese Regelung. Hochschulvertreter beklagen, dass die Agenturen Markt-Know-how nicht an sie weitergeben und eher ihr eigenes Profil als das der auftraggebenden Universitäten pflegen. Für Konflikte sorgt zudem das Thema Geld: Manche Agenturen verlangen zusätzlich zu den üblichen Tagessätzen eine bis zu 30-prozentige Beteiligung an den Verwertungserlösen; Hochschulen sehen das als Mehrfachbezahlung der gleichen Dienstleistung.
Für eine eigenverantwortliche Patentverwertung fehlt den Unis jedoch oftmals das nötige Know-how. Experten fordern daher, dass Thema Patentwesen in der Ausbildung der Wissenschaftler zu verankern. Nur so könne man sich dem zunehmenden Wettbewerb unter den Forschungseinrichtungen stellen und der Industrie seine Leistungen besser verkaufen.