Als konkrete Ziele nennt Schavan, dass die Schnittstellen zwischen Bildung und Forschung enger verknüpft und zusammengeführt werden und dass neue sowie neu justierte thematische Schwerpunkte und Akzente auch strukturell sichtbar werden. Darüber hinaus werden universitäre und außeruniversitäre Forschung stärker miteinander gekoppelt. Außerdem soll die europäische und weltweite Präsenz Deutschlands in den Bereichen Forschung und Bildung intensiviert werden. Schavan: "Mit der neuen Struktur haben wir ein Instrument geschaffen, das als Motor für Innovation und Wachstum dient."
Das Ministerium ist in acht Abteilungen gegliedert. Die Zentralabteilung ist für die Bereiche Personal, Organisation, Infrastruktur, Haushalt, Controlling und Förderverfahren zuständig. Die strategische Weiterentwicklung der Bildungs- und Forschungspolitik und die Querschnittsaufgaben Nachwuchs- und Begabtenförderung, Integration und Innovationen sind Schwerpunkte der Abteilung 1. Abteilung 2 (Europäische und internationale Zusammenarbeit) bündelt die europäische und weltweite Präsenz Deutschlands, auch im Hinblick auf die deutsche EU-Ratspräsidentschaft. In der Abteilung 3 (Berufliche Bildung, lebenslanges Lernen) wird die Fokussierung auf bildungspolitische Zukunftsthemen sowie auf die Kernkompetenzen berufliche Bildung, Aus- und Weiterbildung und die Instrumente des Bundes in diesem Bereich (Bildungsforschung und Bildungsberichterstattung) vorgenommen. In der Abteilung 4 werden universitäre und außeruniversitäre Forschung als "Wissenschaftssystem" verschränkt und ausgerichtet. Schlüsseltechnologien wie Nanotechnologie und Mikrosystemtechnik und Innovationsforschung wie beispielsweise bei der Sicherheitsforschung sind Schwerpunkte der Abteilung 5. Innovationen in den Lebenswissenschaften und Forschung für die Gesundheit sind die zentralen Bereiche der Abteilung 6. Den Themenbereich Zukunftsvorsorge - Forschung für Kultur, Grundlagen und Nachhaltigkeit gestaltet die Abteilung 7, in der auch die Geistes-, Kultur- und Sozialwissenschaften angesiedelt sind.
Der neue Organisationsplan des BMBF steht im Internet unter http://www.bmbf.de/... zum Download bereit.