Für die Bundeswasserstraßen bleibt dieser Planentwurf des Bundesverkehrsministeriums allerdings hinter den eigenen Ansprüchen zurück. Die Unterlage wird nur in einem Punkt konkret und ist damit Ausdruck der absoluten Mangelverwaltung in der Verkehrspolitik des Bundes: Es fehlen im Wasserstraßenbereich Milliardenbeträge, um die erforderlichen Investitionen zu tätigen. Bei einem bis 2015 bestehenden Investitionsbedarf von rund 2,6 Mrd. Euro für Ausbaumaßnahmen stehen in Summe nur 700 Mio. Euro zur Verfügung. Die Konsequenz: Neubaumaßnahmen finden gar nicht mehr statt. Ausbaumaßnahmen, wie sie im Bundesverkehrswegeplan oder im bis Ende des Jahres 2010 gültigen Investitionsrahmenplan genannt sind, werden nur mit großer zeitlicher Verzögerung realisiert. Welche wasserbaulichen Maßnahmen überhaupt noch ergriffen werden, wann dies erfolgt und in welcher Qualität der Erhalt bzw. Ausbau stattfindet, aber auch, was für Kosten hierfür anfallen, verschweigt das Ministerium. Anders als bei Fernstraße und Schiene gibt es in diesem Papier keinen Projektplan für die Bundeswasserstraßen. Die Begründung des Ministeriums lautet: "Anders als bei den Schienenwegen des Bundes und den Bundesfernstraßen gibt es für die Bundeswasserstraßen keinen gesetzlichen Auftrag für eine projektscharfe Festlegung." Im Übrigen sei man zurzeit noch mit einer Festlegung der Prioritäten im Wasserstraßennetz beschäftigt.
Für das System Wasserstraße schafft der IRP-Entwurf damit weder Transparenz, noch Klarheit. Die Häfen, das Schifffahrtsgewerbe und deren Kundschaft können mit diesem IRP-Entwurf für die Wasserstraßen nichts anfangen. Und auch die Bundestagsabgeordneten im Verkehrs- und im Haushaltsausschuss bleiben über die künftige Netzstrategie des Bundesverkehrsministeriums bei den Flüssen und Kanälen komplett im Unklaren.
Dass laut Aussage des Bundesverkehrsministeriums bis 2015 zumindest die reinen Erhaltungsmaßnahmen finanziell gesichert sind, stellt nur einen schwachen Trost dar. Von dem insgesamt bis 2015 verfügbaren Finanzvolumen von rund 3,8 Mrd. Euro werden allein hierfür 3 Mrd. Euro veranschlagt.